Araçatuba coleta esgoto de 98,9% da população e trata 100% dos efluentes coletados. Todo esgoto coletado na cidade é destinado à Estação de Tratamento de Esgoto Baguaçu.

O trabalho de tratamento do esgoto exige um sistema complexo, que inclui infraestrutura e instalações operacionais para coleta, transporte, tratamento, disposição final adequada dos resíduos gerados e o lançamento dos efluentes tratados em forma de água limpa para os corpos d’água.

A Estação de Tratamento de Esgoto ETE Baguaçu foi construída pela iniciativa privada, na primeira concessão pública realizada pela Prefeitura de Araçatuba no setor de saneamento. Sua operação foi iniciada em 2000 e em 2015 ela passou a ser administrada pela GS Inima SAMAR, responsável, desde novembro de 2013, pelos serviços de abastecimento de água e esgotamento sanitário em Araçatuba. Reformada e ampliada, a ETE Baguaçu recebe e trata atualmente todo o esgoto coletado em Araçatuba.